目前，国际贸易法律法规大多是在传统国际贸易的基础上制定的，而电子商务大多采用信息技术，以计算机网络为交易媒介，突破了传统的纸质贸易。因此，许多原有的法律法规与这种贸易方式不符，这必然会挑战原有的法律法规和国际惯例。
1.电子合同法律规范问题
电子商务应用于国际贸易后，贸易合同发生了很大变化：一是双方或多方不见面；二是代表合同生效的传统签名盖章被数字签名所取代；三是以数据电文形式订立的合同。收件人的主营业地是合同成立的地无主营业地的，其经常居住地为合同成立地。合同形式的变化给电子合同成立的时间和地点的确定带来了难题，容易发生变化和伪造。不仅如此，除了修订和完善现行合同法，适应新的国际贸易形式外，世界各国还面临着电子合同法的制定、电子合同的要约和承诺、电子合同成立的时间和地点、电子合同履行的方式和地点、电子合同履行的验收、网上格式合同的法律规范等。
2.电子商务管辖权问题
管辖权是国家通过立法、司法和行政手段管理和处理特定人、物、事的权利。电子商务参与国际贸易后，由于其跨地区、跨国界的特点，管辖权之间的冲突将更加普遍。如果管辖权得不到解决，将极大地影响诉讼效率。
3.知识产权问题
1994年GATT/WTO与贸易相关的知识产权协议涉及到与电子商务相关的知识产权问题，但并不完善。随着电子商务的发展，出现了许多新的问题。（1）版权问题。如何解决由在线版权保护问题引起的问题WTO注意。(2)域名与商标的关系。(3)出版问题。世界知识产权组织在电子商务领域做了很多努力来保护知识产权。WTO政策挑战主要包括：如何修改TRIPS协议能够全面陈述电子商务涉及的知识产权保护问题；如何与电子商务合作；WIPO合作，统一界定电子商务引发的新概念（如域名）和新问题，采取一致的国际标准保护知识产权。
4.其他问题
电子商务和网上支付的法律问题、电子商务市场的法律规范、电子商务中消费者权益的保护等都是电子商务应用于国际贸易后不可避免的问题。世界各国必须在这些方面加强立法，以确保国际贸易的顺利发展。
